El Laboratorio de Calidad Genética verifica la integridad genética del material conservado en fideicomiso, dentro del acuerdo entre el Tratado Internacional de los Recursos Fitogenéticos para la Alimentación y la Agricultura de la FAO de Naciones Unidas y el CIAT. El acuerdo cobija actualmente 65.505 materiales del patrimonio biológico de 141 países y para 745 taxa de plantas en tres familias (leguminosas, gramíneas y euforbiáceas). Dadas las complejidades técnicas y los costos inherentes a la conservación y distribución de muestras de este patrimonio, es imperativo para el Banco de Germoplasma del CIAT asegurarse de que cada accesión conservada represente una fracción única de la diversidad genética de cada cultivo. Este esfuerzo permite a su vez orientar los trabajos de prospección y colecta de materiales, frecuentemente amenazados por extinción, para que las colecciones estén cada vez más relevantes, con miras al uso directo, el fitomejoramiento, o la genómica.

Esta doble verificación permite, a los usuarios presentes y futuros, encontrar la variación que necesiten, y la variación con las características publicadas como resultado de los trabajos de evaluación del Centro y sus socios. Para este fin, el laboratorio utiliza las tecnologías actualmente disponibles para el análisis genético del germoplasma, como son los diferentes tipos de marcadores bioquímicos y moleculares. Estos permiten genotipificar cada una de las accesiones conservadas y monitorear su integridad genética durante todo el proceso de la conservación ex-situ, desde la adquisición e introducción hasta la multiplicación y regeneración periódica.

Adicionalmente, con estos marcadores se desarrollan estudios sobre flujo de genes, origen y patrones de domesticación de los cultivos y sus parientes silvestres conservados en el Banco de Germoplasma del CIAT, con miras a mejorar las acciones de conservación tanto ex situ como in situ. Finalmente, estas tecnologías nos han permitido identificar copias internas en la colección mundial de yuca, con fines de reducir redundancias y aceptar nuevos materiales. Igualmente, se ha podido confirmar la estabilidad genética de nuevos métodos de conservación como el crecimiento frenado in vitro, y contribuir así a la eficiencia de la conservación del germoplasma.