El acuerdo entre el CIAT y el Tratado Internacional sobre los Recursos Fitogenéticos para la Alimentación y la Agricultura de la FAO de Naciones Unidas implica para el Banco de Germoplasma del Programa de Recursos Genéticos la conservación de parte del patrimonio agrícola de 141 países a la fecha, con 65.505 materiales, 745 especies vegetales de fríjol, yuca y pastos tropicales. Esta responsabilidad de conservación está asociada a la distribución de muestras de este patrimonio (517.916 muestras a 136 países a la fecha) según una normativa definida por los países dentro del Tratado, y normas fitosanitarias establecidas por el Instituto Colombiano Agropecuario (ICA).

El Laboratorio de Sanidad de Germoplasma (LSG) del Banco de Germoplasma del CIAT tiene la responsabilidad de verificar el estado fitosanitario del germoplasma que distribuyen el Banco de Germoplasma y demás programas del CIAT, a nivel nacional e internacional, certificando que esté libre de enfermedades cuarentenarias. La base de la premisa del Banco de Germoplasma es que todo el material conservado debe ser un material certificado y disponible para su distribución.

La metodología empleada para certificar la sanidad del material genético a transferir se fundamenta en los resultados de la inspección durante la producción y el procesamiento de las semillas, además de los resultados obtenidos en el análisis de sanidad en el laboratorio. El (LSG) examina muestras para patógenos de interés cuarentenario que ocurren en los lugares de producción o que se consideran como un riesgo sanitario de importancia en el país anfitrión o en el país de destino.

En el caso de fríjol y pastos tropicales el LSG examina muestras de semillas para realizar el diagnóstico de patógenos cuarentenarios como hongos, bacterias, virus y ocasionalmente nematodos y coleópteros que afecten el germoplasma.

En el caso de la yuca, el material vegetativo para intercambio de germoplasma es producido in vitro; por consiguiente, las probabilidades de contaminación por bacterias, hongos e insectos son casi nulas. Por este motivo, el proceso de indexación se basa en la detección de enfermedades virales de importancia cuarentenaria utilizando para su detección métodos biológicos, serológicos y moleculares.

Adicionalmente, en este laboratorio se realizan investigaciones en el manejo y caracterización de patógenos de interés cuarentenario con el objetivo de estandarizar nuevas metodologías de diagnóstico que sean más eficaces y sensibles.